โรงเรียนบ้านทรัพย์มะนาว เริ่มเปิดทำการสอนครั้งแรกอย่างไม่เป็นทางการ เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ.2522 โดยความร่วมมือของชาวบ้าน ช่วยกันบริจาคที่ดิน อุปกรณ์การก่อสร้าง สร้างเป็นอาคารเรียนชั่วคราว จำนวน 1 หลัง บนที่ดิน จำนวน 17 ไร่ 200 ตารางวา และได้จ้างชาวบ้านที่จบวุฒิ ม.ศ.3 มาทำการสอน คิดค่าสอนโดยการเก็บเงินจากผู้เรียน จำนวน 35 คน คนละ 1 บาท ต่อวัน สอนได้ไม่นานก็ล้มเลิกไป เหตุผลที่เปิดทำการสอน เนื่องจากบ้านทรัพย์มะนาวในขณะนั้น เป็นชุมชนที่เกิดขึ้นใหม่มีการอพยพเข้ามาจับจองที่ดินทำกินจากต่างจังหวัด และมีนักเรียนย้ายติดตามผู้ปกครองมาจำนวนหนึ่ง แต่โรงเรียนที่จะย้ายมาเข้าเรียนอยู่ไกลจากหมู่บ้าน ชุมชน การคมนาคมไม่สะดวก จึงเป็นสาเหตุให้นักเรียนส่วนใหญ่ไม่มีที่เรียน และไม่ได้เข้าเรียนหนังสือ
ต่อมา เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2523 โดยการนำของนายปาน แน่นอุดร และ นายชัย วงศ์ทองใบใหญ่ พร้อมชาวบ้านบ้านทรัพย์มะนาว ได้ดำเนินการขอเปิดโรงเรียนบ้านทรัพย์มะนาว เป็นสาขาของโรงเรียนบ้านท่าขึ้น (อำเภอคลองขลุงเดิม) นายย้วน วรเจริญ ครูใหญ่ได้ส่งครูมาทำการสอน จำนวน 1 คนคือ นายจำนง วงศ์วิลาศ และเปิดทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-2 จำนวนนักเรียนทั้งสิ้น 52 คน
โรงเรียนบ้านทรัพย์มะนาว ได้รับประกาศจัดตั้งให้เป็นโรงเรียนเอกเทศ ตามประกาศของคณะกรรมการการประถมศึกษาจังหวัดกำแพงเพชร (กปจ.) ลงวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2526 และให้มีผลตั้งแต่วันที่ 1 เดือนเมษายน พ.ศ. 2526 เป็นต้นไป
ปีการศึกษา 2526 วันที่ 11 พฤษภาคม พ.ศ. 2526 โรงเรียนบ้านทรัพย์มะนาว เปิดสอนเป็นเอกเทศ โดยเปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 จำนวนนักเรียนทั้งสิ้น 181 คน ครู 4 คน เป็นครูช่วยสอนจากโรงเรียนบ้านท่าขึ้นทั้งหมด นายชูชีพ ธงชัย ทำการในตำแหน่งครูใหญ่ วันที่ 9 เดือนกันยายน พ.ศ. 2526 โรงเรียนบ้านทรัพย์มะนาว ได้รับการกำหนดตำแหน่งครูใหญ่ เลขที่ตำแหน่ง 4976 และได้มีคำสั่งแต่งตั้งให้ นายชูชีพ ธงชัย ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ตามคำสั่งสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดกำแพงเพชร (สปจ.) ที่ 377/2526 ลงวันที่ 9 กันยายน พ.ศ. 2526
ปีงบประมาณ 2527 โรงเรียนบ้านทรัพย์มะนาว ได้รับจัดสรรงบประมาณหมวดค่าที่ดินและสิ่งก่อสร้าง เป็นอาคารเรียน 2 ชั้น 1 หลัง แบบสปช. 105/26 จำนวน 4 ห้องเรียน งบประมาณค่าก่อสร้าง จำนวนเงิน 789,000 บาท เริ่มดำเนินการก่อสร้างเมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2527 แล้วเสร็จเมื่อวันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2527
ปีการศึกษา 2532 โรงเรียนบ้านทรัพย์มะนาว เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นเด็กเล็ก (อนุบาล) ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 จำนวนนักเรียนทั้งสิ้น 215 คน นายชูชีพ ธงชัย ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ วันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ. 2533 โรงเรียนบ้านทรัพย์มะนาว ได้รับการปรับตำแหน่งให้สูงขึ้น จากครูใหญ่ เป็นอาจารย์ใหญ่ ตามคำสั่งสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดกำแพงเพชร ที่ 412/2534 ลงวันที่ 16 มีนาคม พ.ศ. 2534 โดยมีผลย้อนหลังตั้งแต่วันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ. 2533 นายชูชีพ ธงชัย ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ ระดับ 7
ปีการศึกษา 2560 วันที่ 30 กันยายน พ.ศ.2560 นายชูชีพ ธงชัย ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านทรัพย์มะนาว เกษียณอายุราชการ โดยได้มีการแต่งตั้งให้นายอรุณ ศรีปลาด ตำแหน่งครูวิทยฐานะ ครูชำนาญการพิเศษ ทำหน้าที่รักษาการแทนผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านทรัพย์มะนาว
ปีการศึกษา 2561 ครูคนึงนิจ ธงชัย เกษียณอายุราชการ วันที่ 30 กันยายน พ.ศ.2561 และเมื่อวันที่ 24 ตุลาคม พ.ศ.2561 มีคำสั่งแต่งตั้งให้ผู้อำนวยนุชรินทร์ รอดน้อย ย้ายเข้ามารับตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านทรัพย์มะนาว